Полезные ссылки
Программы DSSP и HBplus.
1. Дана запись PDB 1PKV.pdb.С помощью программы DSSP получен файл 1PKV.dssp,
который затем был импортирован в Excel - DSSP.xlsx
В таблице показаны различия между описаниями вторичной структуры: полученной с помощью DSSP и приведенной авторами записи.
| PDB |
DSSP |
||||
| цепь | альфа-спираль (H) или бета-тяж (E) | Координаты | цепь | альфа-спираль (H) или бета-тяж (E) | Координаты |
| A | H | 29 - 33 | A | H | - |
| A | H | 65 - 71 | A | H | 65 - 70 |
| A | H | 72 - 76 | A | H | - |
| B | H | 29 - 33 | B | H | - |
| B | H | 64 - 71 | B | H | 65 - 70 |
| B | H | 72 - 76 | B | H | - |
| A | E | 8 -17 | A | E | 8 -17 |
| A | E | 21 - 27 | A | E | 21 - 27 |
| A | E | 41 - 44 | A | E | 41 - 44 |
| A | E | 47 - 55 | A | E | 47 - 55 |
| A | E | 58 - 64 | A | E | 58 - 64 |
| A | E | 81 - 86 | A | E | 81 - 86 |
| B | E | 8 - 17 | B | E | 8 - 17 |
| B | E | 22 - 27 | B | E | 22 - 27 |
| B | E | 41 - 44 | B | E | 41 - 44 |
| B | E | 47 - 55 | B | E | 47 - 55 |
| B | E | 58 - 63 | B | E | 58 - 63 |
| B | E | 81 - 86 | B | E | 81 - 86 |
DSSP отлично справляется с бета-тяжами, все 6 бета-тяжей из каждой цепи были найдены с точностью до одного остатка.
Однако 2 из 3 альфа спиралей не были найдены, а координаты находки отличались на 1 остаток от данных в записи.
2. В выдаче DSSP положительное значение угла PHI имеют следующие остатки:
глицин 4 цепи A глицин 8 цепи A глицин 35 цепи A глицин 39 цепи A аспарагин 45 цепи A глицин 46 цепи A глицин 56 цепи A глицин 79 цепи A глицин 4 цепи B глицин 8 цепи B глицин 35 цепи B глицин 39 цепи B аспарагин 45 цепи B глицин 46 цепи B глицин 56 цепи B глицин 79 цепи B
3. С помощью программы HBPlus был получен файл 1PKV.hb2, который содержит данные о водородных связях в записи 1PKV.
Ниже приведены примеры водородных связей:
а) участвующих в стабилизации вторичной структуры (в данном случае - альфа-спирали)
